好吧,偶然去了解Nginx的Conf档的配置,发现php.ini的参数还能透过Nginx的conf来间接定义。
用法如下:

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fastcgi_param  PHP_VALUE  "参数名=值";

放在PHP的Location段中即可(不是用nginx+php-fpm跑PHP的请自觉无视~)
例如一台机器上放了好多的站的童鞋,为了增加安全性,可以使用下面的配置

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fastcgi_param  PHP_VALUE  "open_basedir=$document_root:/tmp/:/proc/";

这就把PHP的读取路径权限限制死了,限制在了当前的站点根路径以及缓存和线程执行路径下,增加了服务器的安全性
然后再拓宽,可以直接用来禁用一些危险的PHP函数

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fastcgi_param  PHP_VALUE  "disable_functions=exec,passthru,shell_exec,system,proc_open,popen";

挺好使的,剩下的就自己发挥吧.